歐洲在病毒測序上會發生什麼。 Maria Scopece的加深
從4月26日起，意大利將逐漸恢復正常生活。在此階段，至關重要的是監視變體的傳播，以免被抓住以防備逃避免疫系統防禦能力並降低疫苗效力的變體。
2020年1月中旬，一群中國和澳大利亞研究人員首先發表了當時未知的病毒的完整序列，該病毒導致武漢市廣泛爆發肺炎病例。與所有病毒一樣，隨著感染數量的增加，Sars-CoV-2自然會突變許多次。自大流行開始以來，在12月已經有超過4,000個突變影響了該病毒的刺突蛋白。
因此，為了發現新的變體，需要對從陽性拭子獲得的病毒樣品的遺傳組成進行測序。
世衛組織：分析至少5％的拭子
世界衛生組織與美國和歐洲疾病預防控制中心共同確定，要使基因組監測計劃有效，有必要對每天至少有5％的新病例進行診斷測試進行測序。
丹麥和英國處於測序的最前沿
據該領域的專家稱，英國財團COG-UK開展了基因組測序的基礎工作。英國工廠已經對存儲在GISAID （非營利性在線數據庫，用於共享病毒基因組）上的400,000多個SARS-CoV-2基因組中的大約一半進行了測序。世界上大約有140個國家/地區參加了歸檔，大多數國家/地區僅上傳了少量序列。在丹麥，有丹麥的Covid-19基因組聯盟，該聯盟每週都會發布有關測序活動以及新診斷病例中不同變異發生率的最新信息。
歐洲的測序數量
丹麥和英國是對GISAID數據庫，所有流感病毒和引起COVID-19的冠狀病毒所有序列的世界檔案的人口最多的國家。在2020年9月至2021年1月13日期間，丹麥是歐盟中進行基因研究最多的國家，其確診病例的順序約為15％，其次是英國（佔5％），挪威和芬蘭（佔2％），意大利為0.034。 ％，僅次於法國的0.044％和德國的0.061％。但是，英國和丹麥的基因組監視計劃在歐洲範圍內似乎很獨特，這可能是由於歷史原因和科學傳統造成的。
意大利：測序的灰姑娘
直到2021年3月22日，意大利在GISAID上可用的總數為834,274個序列中，貢獻了13,769個序列。大流行的第一年，我國測序了6,000多個基因組。 我國的世界排名非常低：僅次於孟加拉國，斯里蘭卡和阿曼。
測序如何在意大利運作
在意大利有一個自發的財團。變異的分析由各個地區的實驗室在意大利高級研究所的協調下進行。 1月底，病毒學會宣布成立一個監視聯盟。但是，孔戴二世政府的危機使該項目處於危險之中。 ECDC建議每週在全國范圍內至少對大約500個隨機選擇的樣本進行測序。測序的重點是：接種SARS-CoV-2疫苗的個體，儘管對該疫苗產生免疫反應，但隨後仍被感染；高風險的環境，例如SARS-CoV-2陽性免疫功能低下的患者長期住院的醫院，再感染的情況，最後， 來自SARS-CoV-2變體高發國家的個體。
措施不及時。然而，8/8部的通函邀請所有實驗室緊急排序出現再感染或接種疫苗的人的情況。就像在佩魯賈一樣。但是對於國際空間站來說，這些排序並不是緊迫的。 ＃報告pic.twitter.com/i0jpstHGLV
-報告（@ reportrai3） 2021年4月19日
缺乏中央協調
“然而，缺少的是產生技能網絡和標準化分析的中央協調”。的里雅斯特大學的遺傳學家Marco Gerdol說。 “ Sanità優越學院（Istituto Superiore diSanità）試圖刺激實驗室進行測序。現在，這些報告將定期進行，但是我們離其他歐洲國家的計劃還差得很遠。格多。我們需要一項認真的計劃，該計劃應在中長期內發揮作用，並在醫院，大學，公共和私營部門之間產生協同作用。 “在意大利，我們需要一個由Istituto Superiore diSanità推動的結構化財團，以管理病毒基因組和患者元數據的數據- 教授說。杰羅德 -將數據上傳到GISAID當然應該由生物信息學家完成。以英國為例，加載工作直接由劍橋的桑格研究所（Sanger Institute ）完成，該研究所負責協調英國的財團。意大利新政府最近對科學技術委員會的組成進行了改革。但是，新成員中甚至沒有生物信息學。
解決變體問題的絕妙方法：不要尋找它們
謝謝你 。 @emmecola pic.twitter.com/boGIjaFYeX
-羅伯托·伯里尼（Roberto Burioni）（@RobertoBurioni） 2021年4月20日
坎帕尼亞Tigem，意大利在測序方面的卓越表現
根據帕多瓦大學（University of Padua）的估計，要做一個好的序列分析就足以分析意大利的幾百個案例，以達到5％的目標。 “迄今為止，坎帕尼亞是唯一成功的地區-的里雅斯特大學的遺傳學家Marco Gerdol評論道-”。得益於該地區的700萬歐元撥款，由Tigem （波佐利遺傳資源和醫學研究所Tegehon領導）專門針對Covid緊急情況而建立的區域項目進展良好，這得益於該地區的撥款700萬歐元：該項目已開始產生良好的數據。二月。如果其他地區達到這些水平，那將已經是一個積極的事實”。
如果需要，您每天可以測序100個棉籤。
“是的，如果你想要的話，是的。”
您排序了多少？
“不，我們的排序要少得多”
又為什麼呢？
“因為沒有資金來做到這一點。” ＃報告pic.twitter.com/FgZcIA8apQ
-報告（@ reportrai3） 2021年4月19日
阿布魯佐（Abruzzo）：測序領域的佼佼者
阿布魯佐（Abruzzo ）在排序方面也做得很好。 “他是最早進行測序的人之一，遺傳學家Gerold繼續說道，他在意大利發現了第一批英式變體，今天還處理了來自翁布里亞和莫利塞的樣品。” 2020年12月，從Guardiagrele （基耶蒂）的患者那裡收集了四份Covid陽性鼻咽拭子樣本，突顯了這種英國變種抵達意大利。從那時起，它已成為英國的主要變種，導致2020年12月下半月的可傳播性和住院率顯著增加。阿布魯佐和莫利塞實驗動物預防研究所也確定了巴西變種是從巴西返回的旅行者的三支鼻咽拭子。由於巴西變種有更好的機會規避免疫反應，因此意大利衛生部禁止與巴西的航班。 “另一方面，其他人則偶爾處理來自病毒基因組的數據-繼續。杰羅德-自大流行開始以來，倫巴第只貢獻了幾百個基因組。
這是在 Sat, 24 Apr 2021 07:04:19 +0000 在 https://www.startmag.it/sanita/sequenziamento-covid-19-italia-europa/ 的報紙 “Scenari Economici” 上發表的文章的翻譯。